Игровой процесс

Игроку необходимо выживать в океане среди множества существ, многие из которых крайне недружелюбны. Как в многих других играх в жанре выживание, есть индикаторы здоровья, жажды и голода, а также кислорода, нехватка которого, при постоянной необходимости нырнуть поглубже, представляет огромную проблему. Её можно частично решить, создавая разного объёма акваланги или подводный транспорт. Для продвижения по сюжету также требуется создавать различные новые инструменты, еду и транспорт.

Как и в других survival-играх, в Subnautica есть система крафта, то есть создания различных вещей из найденных материалов. Вещи создаются в специальном устройстве («Изготовитель» на стене капсулы) по чертежам. В чертеже указано, какие компоненты требуются для создания предмета. Но в начале игры, когда игрок приходит в сознание в своей спасательной капсуле, КПК сообщает, что из-за повреждений большая часть чертежей недоступна. Игрок должен создать ручной инструмент «Сканер» и сканировать детали нужных предметов, разбросанных по всей карте. Чаще всего детали можно найти возле обломков «Авроры» либо на заброшенных базах. Как только будет отсканировано определённое количество частей этого предмета, будет доступен его чертёж и предмет можно будет создать. Сканировать также можно животных или некоторые артефакты, чтобы получить больше информации о них в базе данных.

В игре есть три вида транспорта, которые помогают исследовать глубины, и спасательная ракета, необходимая для завершения игры. Транспорт создаётся в специальном сборщике, чертежи также надо будет найти. У каждого устройства есть максимальная глубина погружения и прочность корпуса (можно увеличивать при помощи создаваемых улучшений). Транспорт могут атаковать хищники, поэтому при исследовании надо действовать осторожно.

Мир планеты 4546B состоит из более чем 30 «биомов» — морских экосистем с различными флорой, фауной и растительными условиями; большинство из них имеют аналоги в реальном мире. Так, например, «Безопасные отмели» — мирная область, где практически отсутствуют хищники — изобилуют кораллами, в том числе богатыми кальцием изогнутыми трубами из полипов или мозговыми кораллами, добывающими углекислый газ из воды. Леса водорослей-макрофитов напоминают земные заросли бурых водорослей. Затерянная река представляет собой находящийся на большой глубине лабиринт пещер с подводными соляными озёрами. Есть также и поистине причудливые зоны, например леса из гигантских грибов, глубоководный биом со странной растительностью в виде шарообразных кустов. Есть два острова, однако сравнительно бедных животным миром, а также целая лавовая зона с удивительной фауной, находящаяся в глубоких пещерах. Все экосистемы находятся в древнем вулканическом кратере диаметром два километра. Игрок может выплыть и за пределы кратера, но за его краями простирается «мертвая зона» — безграничная область, практически лишённая жизни, которую представляют лишь призрачные левиафаны.